El Consejo Superior (artículo 14 del Estatuto de la UNICEN) está compuesto por: el Rector, los Decanos de las facultades y un representante profesor, un representante alumno y un representante graduado, por facultad. Por el artículo 15 del mismo Estatuto se establece, además, que mientras no reemplace al Rector, el Vicerrector tiene asiento permanente y derecho a voz en el Consejo Superior.

Corresponde al Consejo Superior, entre otras atribuciones: ejercer el gobierno directo y general de la Universidad; dictar y modificar su reglamento interno; ratificar los planes de estudio, las condiciones de exámenes, admisibilidad para los alumnos y las bases para promociones; aprobar y reajustar el presupuesto anual; disponer del patrimonio de la Universidad y administrarlo; establecer el marco de la política científico-tecnológica de la Universidad; autorizar —a los fines de enseñanza, investigación científica o extensión universitaria— la concertación de contratos con terceros y con profesores especializados del país o del extranjero.